Naota Nandaba, o Takkun come viene chiamato da Mamimi e Haruko, è il protagonista della prima stagione di FLCL, ossessionato dall'apparire maturo e disinvolto. Idolatra suo fratello maggiore, Tasuku, che rappresenta per Naota cosa significa essere un "adulto".
Haruko Haruhara è un personaggio centrale della serie FLCL, il nuovo residente di Mabase e un investigatore extraterrestre per la Confraternita della Polizia Spaziale Galattica. Diventa la domestica di casa Nandaba mentre lavora per trovare Atomsk, il pirata spaziale più potente della galassia.
Mamimi Samejima è una studentessa del liceo ed ex fidanzata di Tasuku. Lei è una fumatrice accanita solitaria e depressa da quando lui si è trasferito in America.
Kanti è il primo robot ad emergere dalla testa di Naota. È stato prodotto da Medical Mechanica ed è stato utilizzato da loro per catturare Atomsk.